Το Καθολικό
Το μοναστήρι είναι τώρα ερειπωμένο. Η πρόσβαση γίνεται μέσω κλιμακωτού και λαξευτού καλντεριμιού που ξεκινάει από τη μονή Γουβερνέτου, περνάει μπροστά από τη Σπηλιά της Παναγίας της Αρκουδιώτισσας και καταλήγει στο μοναστήρι μετά από 30 λεπτά.
Από εκεί συνεχίζει ως τη θάλασσα, όπου δημιουργείται μικρό φιόρδ με γαλαζοπράσινα νερά με ίχνη από παλιό λιμανάκι - ταρσανά που εξυπηρετούσε τη μονή.
Το μοναστικό συγκρότημα ιδρύθηκε στο σημείο όπου βρίσκεται το σπήλαιο που κοιμήθηκε ο Άγιος Ιωάννης ο Ερημίτης ή Ξένος κατά τον 11ο αιώνα. Μετά το θάνατο του Αγίου Ιωάννη του Ξένου, η ευρύτερη δύσβατη αυτή περιοχή που είναι γνωστή ως Αρκουδοβούνια μετατράπηκε σε ένα από τα σπουδαιότερα κέντρα ασκητισμού στην Κρήτη. Η σπηλιά που κοιμήθηκε μετατράπηκε σε ναό (εορτάζει 20 Σεπτεμβρίου) και οι τριγύρω κοιλότητες αποτέλεσαν αρχικά καταφύγιο για τους ερημίτες, ενώ αργότερα κτίστηκαν και μερικά κελιά.
Τον 17ο αιώνα μπροστά από το σπήλαιο έγινε μια εκτεταμένη οικοδόμηση κτισμάτων υπό την επίβλεψη του Ιερεμία Τζαγκαρόλου και με αρχιτεκτονικά σχέδια από τα έργα του Sebastiano Serlio, κι έτσι απέκτησε τη σημερινή εντυπωσιακή μορφή το μοναστικό συγκρότημα. Μπορείτε να δείτε ακόμη τα ερειπωμένα κελιά των ασκητών, το καμπαναριό και την εντυπωσιακή γέφυρα που διασχίζει τον ποταμό του φαραγγιού, δημιουργώντας μια μεγάλη πλατεία που ενώνει τις δύο πλευρές. Στα ποδαρικά της γέφυρας υπάρχουν μεγάλοι θολωτοί αποθηκευτικοί χώροι, ενώ στις δύο πλευρές της κτίστηκαν διώροφο κτίσμα και μια μικρή πτέρυγα από θολωτούς χώρους για τη στέγαση των προσκυνητών.
Η λατρεία του Αγίου Ιωάννη διαδόθηκε τόσο πολύ στην ευρύτερη περιοχή των Χανίων, που κατά την απογραφή του 1637 τα έσοδα από τους προσκυνητές ήταν από τα μεγαλύτερα. Αυτό το γεγονός είναι πολύ σημαντικό, ειδικά αν αναλογιστεί κανείς την κοπιαστική πορεία που έπρεπε να διανύσουν οι πιστοί τότε για να προσεγγίσουν το απόμερο Καθολικό. Όταν οι ακτές της Κρήτης αποτέλεσαν στόχο των πειρατών της Μεσογείου, ο φόβος κυριάρχησε, το μοναστήρι ερήμωσε και οι μοναχοί αναγκάστηκαν να μεταφερθούν σε πιο απόμερο μέρος κι έτσι αποσύρθηκαν στη μονή Γουβερνέτου.